可以用常规的财务处理方式解决。

1、首先要明确，对方开具发票的金额，是否合理。因为工程并没有最终完工，且不知是否有增减项的变化。所以，要确认发票金额，是否涵盖现有已完工内容，就算多余实际施工内容，也没有问题，与合同额对比下，只要发票开具金额不高于合同额就没有问题。

2、先不要着急认证发票，因为最终项目没有完工，不排除期间有没有项目内容及金额的变化，若出现了，要及时红冲现有发票，或者追加不足额发票。

3、收到发票挂应付账款的明细分类账，具体财务分录如下：

借：应付账款a

贷：在建工程a