分公司不能独立核算，如果企业需要单独计算某个分公司的收入和费用支出等，可以自行进行记录，增值税等流转税种在当地缴纳，但如果你公司跨地区设立了总分机构，所得税应当适用国税发（2008）28号文件，由总公司汇总计算，分公司按比例当地预交。