公司代收项目部的工程款一般需要分两种情况来处理，如果该项目部不是属于本公司的，公司实际上是代替别的公司来收取该款项，则计入到其他应付款科目，其分录为，

借：银行存款，

贷：其他应付款。

如果该项目部本身是本公司的下属部门，则可以计入预收账款或者应收账款科目。

借：银行存款，

贷：预收账款/应收账款等。