1、会计核算的对象不同，政府财政会计的核算对象是各级政府预算资金，行政单位会计的核算对象是各级各类行政单位预算资金。

2、侧重点不同，政府财政会计侧重于预算资金的集中和分配的核算，行政单位会计侧重于预算资金使用的核算。

3、核算支出的数字基础不同政府财政会计核算支出的数字基础是财政拨款数、银行支出数和资金清算数，而行政单位会计核算支出的数字基础是实际支出数。