根据搜索结果，以下是医学考研中自主命题的主要院校分类整理，结合不同时期的信息综合更新：

一、临床医学专业自主命题院校

综合类顶尖医学院校

北京协和医学院、北京大学医学部、复旦大学上海医学院、华中科技大学同济医学院、四川大学华西医学中心等。

其他重点院校

武汉大学、南京医科大学、中山医科大学、天津医科大学、重庆医科大学、上海中医药大学等。

二、康复医学与理疗学专业自主命题院校

康复医学 ：北京大学医学部、四川大学华西医学中心等。

理疗学 ：部分院校如重庆医科大学、天津医科大学等有自主命题。

三、其他医学相关学科自主命题院校

中医类 ：北京中医药大学、上海中医药大学等。

口腔医学 ：北京大学医学部、上海交通大学医学院等。

四、注意事项

确认考试科目

部分院校临床学硕可能使用全国统考科目（如306临床西医综合），需提前通过官网确认。

自主命题特点

自主命题院校通常在专业综合能力、病例分析等题型上有较大自主权，建议结合院校特色制定复习策略。

以上信息综合了近年多份考研资料，具体院校及科目请以目标院校最新招生简章为准。