陈建功留学日本期间，先后就读于 东京高等工业学校和东北帝国大学。他于1913年前往日本，首先考入东京高等工业学校学习染色工艺，同时积极参加东京物理学校的夜校课程，专攻数学和物理学。1918年，他毕业于高等工业学校，随后在物理学校完成学业。1920年，他再度赴日，考入仙台东北帝国大学数学系，开始了对近代数学的研究。1926年，他第三次赴日，于东北帝国大学研究生院攻读博士学位，导师为藤原松三郎教授，专攻三角级数论，并于1929年获得理学博士学位。