日本留学最出名的大学有以下几所：

东京大学：

东京大学是日本第一所国立综合性大学，也是亚洲最早的西制大学之一。在全球享有极高的声誉，培养了多名诺贝尔奖得主和日本首相。

京都大学：

京都大学是世界闻名的顶尖综合研究型大学，被誉为“科学家的摇篮”，与东京大学并称为日本的“清华北大”。

东京工业大学：

东京工业大学是日本理工科大学之最，专攻工程技术与自然科学，是世界领先的实用科学与工程教育研究型大学之一。

大阪大学：

大阪大学是由民间创办的名牌大学，前身是日本二战前成立的第六所帝国大学，以自然科学和医学方面的高建树闻名。

东北大学：

东北大学是日本一所古老的学校，以医学、工学和理学闻名世界，亚洲排名第三，世界排名第五十四。

庆应义塾大学：

庆应义塾大学是一所知名私立大学，文科和理工科实力均衡，政治、生物、商业等专业水平高。

早稻田大学：

早稻田大学是日本最有名的私立大学，许多日本首相都毕业于此，拥有全日本最先进的图书馆。

筑波大学：

筑波大学是一个以高新科技研究为主体的学校，坐落在筑波学园都市，在体育科技研究上处于世界领先地位。

一桥大学：

一桥大学在日本文科排名靠前，以商学研究闻名，没有理工科专业。

同志社大学：

同志社大学是位于日本京都的著名顶尖私立大学，也是日本第三古老的大学，以国际教养、法学、外语等综合国际学优势学科著称。

这些大学在日本乃至全球都享有极高的声誉，无论是学术实力、研究水平还是国际影响力，都是日本留学的重要选择。建议根据个人兴趣和专业需求，选择合适的大学进行申请。