日本留学签证的费用如下：

一次有效签证 ：人民币200元。

多次有效签证 ：人民币400元。

代办机构费用 ：如果委托代办机构办理，则另外加收200元。

因此，如果签证为一次有效且不委托代办机构办理，总费用为200元；如果签证为多次有效且不委托代办机构办理，总费用为400元；如果委托代办机构办理，则总费用为400元（签证费）+ 200元（代办费）= 600元。

建议：

如果签证为一次有效，费用为200元。

如果签证为多次有效，费用为400元。

考虑委托代办机构办理时，总费用为600元。