蔡元培一生多次赴德留学，主要在德国的莱比锡大学和柏林大学学习。以下是详细信息：

莱比锡大学

1908年10月，蔡元培在汉学家孔好古（August Conrady）的帮助下，以35岁年龄注册莱比锡大学哲学系，开始系统学习哲学、文学、心理学等西方学科。 - 1911年底因辛亥革命中断学业回国，后于1912年7月因政治原因辞职，同年11月重返莱比锡大学，但半年后随孙中山回国。

柏林大学

1907年夏，蔡元培曾计划申请柏林大学，但因未获中学毕业证书无法注册。 - 1912年赴德期间，他短暂访问柏林大学，但未正式入学。

留学背景与影响

蔡元培在德国有近五年的学习经历，期间他不仅学习西方学术，还逐步形成了中国未来教育体系的思想基础，为后来的教育改革奠定理论基础。

综上，蔡元培的主要留学地是德国，以莱比锡大学为核心学习场所。