海运学校分数低的原因主要有以下几点：

工作性质和条件艰苦：

航海专业的工作性质要求长时间在海上，尤其是远洋航海，工作条件艰苦，且存在较高的危险性。这些因素导致不是所有人都愿意选择这一专业，从而影响了该专业的报考人数和分数。

对身体要求高：

航海类专业对身体，尤其是视力有明确的要求，这限制了许多人的报考意愿。

提前批招生：

航海类专业通常在提前批招生，很多人对提前批的招生政策不了解，导致这些专业的分数相对较低。

专业认知度不足：

许多人对航海技术的认知度不高，可能认为这不是一个理想的专业选择，因此报考的人数相对较少。

学校和专业本身：

开设航海专业的学校和专业本身可能并不是特别知名，这也影响了专业的分数。

就业前景和收入：

尽管航海专业的就业前景好，收入也较高，但这些优势并没有转化为高分数，可能是因为许多学生和家长对该专业的长期职业发展和生活条件有顾虑。

综上所述，海运学校分数低的原因是多方面的，包括工作性质、对身体的要求、提前批招生政策、专业认知度以及学校和专业本身的知名度等。