1998年12月系统科学所与其他三个数学类研究所(数学所、应用数学所、计算数学与科学工程计算研究所)整合组建了数学与系统科学研究院，并进入了中国科学院知识创新工程。

系统科学所逐渐成为单纯的学术组织、管理和交流的机构。

系统科学所整体实力雄厚，53名科研人员中，研究员31人，中国科学院院士5人、中国工程院院士 1人、博士生导师30人。

所内25名45岁以下年轻高级研究人员中，5人获国家杰出青年科学基金，3人获中科院百人计划支持，连续四届4人获中国科学院青年科学家奖(三届一等奖)及多种荣誉。

系统科学研究所共有7个博士点，分别分布在数学、系统科学、管理科学与工程3个一级学科中。

二十多年来毕业并获博士学位219人，硕士学位224人，目前在学研究生137人。

系统科学所是首批被国家批准的具有博士后流动站的单位之一，现有数学、系统科学、管理科学与工程三个博士后流动站。

1987年至2002年，进站博士后81人，出站63人，现有在站博士后科研人员18人。