体育培训收学费的纳税方式如下：

增值税

一般纳税人：提供体育服务的增值税税率为6%。

小规模纳税人：提供体育服务的征收率为3%。

发票开具：

一次性收取3年的培训费，如果发票分三年开具，则增值税和所得税要按三年分别确认收入，缴纳增值税和所得税。

如果一次性开具增值税发票，则增值税和所得税要在一年内缴纳。

企业所得税

企业所得税可以按月分摊计入营业收入来计算。

企业内部员工的培训服务可以作为费用扣除缴纳企业所得税。

其他相关税费

根据企业的性质和所在地的税法规定，可能还需要缴纳城市维护建设税、教育费附加和地方教育附加等其他税费，这些税费通常是根据企业缴纳的增值税计算的，税率一般在1%到7%之间。

建议

一般纳税人：建议选择6%的税率进行增值税申报，并确保按年或按季度分摊收入，合理结转成本费用。

小规模纳税人：建议选择3%的征收率，并注意发票开具的时间点，以确保按年或按季度申报和缴纳增值税。

企业所得税：建议详细记录培训服务的收入和成本，确保合理扣除相关费用，并按月或按季度进行企业所得税的申报和缴纳。

通过以上步骤，可以确保体育培训收学费的纳税过程合规、准确。