日本留学生的年收入超过 38万日元部分需缴纳所得税，税率为20%。此外，留学生还需要缴纳消费税和住民税。消费税是在购买商品或接受服务时缴纳的，税率为10%。住民税则主要依据前一年的收入总和，如果超过一定额度（如113万日元），则需要缴纳。

具体来说，如果留学生的年收入为50万日元，那么需要缴纳的所得税为（50万-38万）×20%=2.4万日元。此外，如果留学生在日本的居住时间超过一年，还需要根据前一年的收入总和缴纳住民税，具体税率根据所居住的市区町村而有所不同。

建议留学生在留学期间了解并遵守日本的税法规定，合理规划自己的收入和支出，以确保合法合规地缴纳相应的税款。