如果在合伙司法审计中发现双方账目丢失或丢失了与审计有关的关键账目资料，可以考虑以下几个步骤：

1. 确认账目丢失情况：仔细核实账目丢失的具体情况，包括哪些账目丢失、丢失的时间段、可能的原因等。确保没有遗漏任何细节，并有据可查。

2. 与相关方沟通：及时与合伙方沟通，向他们说明账目丢失的情况，并共同探讨如何处理这个问题。与律师或合作伙伴一起商讨可能的解决方案。

3. 寻求专业帮助：联系专业的会计师事务所、律师或审计师咨询专业意见。他们可以帮助您评估丢失账目的影响，并提供建议和解决方案。

4. 补充账目资料：如果可能，尽量补充或恢复丢失的账目资料。可以通过与相关方重新核查、了解账目流水、向银行或其他金融机构获取账户对账单等方式，尽量恢复账目的完整性。

5. 总结审计结果：在必要的情况下，根据已有的账目资料和其他相关信息，尽力总结审计的结果，并告知相关方。如果账目无法找回，需清楚说明该账目的丢失对审计结论的影响。

6. 法律程序：如果账目丢失涉及到重大的违规行为或涉嫌违法行为，您可能需要与律师合作，进一步调查、获取证据并采取法律行动。

以上步骤提供了一般性的建议，但具体应根据实际情况和法律法规进行判断和操作。在处理账目丢失问题时，建议您尽快寻求专业意见，以便采取适当且合法的措施解决问题。