阜阳跨省门诊就医的报销流程一般如下：

在就诊时，需向医院提供医保卡和身份证等相关证件。

在结算时，需支付自己的部分费用，其余由医保部门与医院结算。

保存好发票、诊断证明等相关资料。

回到原籍地，到当地医保部门提交报销申请，并提供相关资料。

等待审核通过后，医保部门会将报销款项打入个人账户。

需要注意的是，不同地区的报销政策可能有所不同，具体操作流程需要根据当地实际情况进行操作。