海事处科员的主要工作包括以下几个方面：

航运事务管理：

负责水路交通行业的规划、中长期计划及年度计划的实施。

基础设施建设：

管理全省水运基础设施建设项目，组织实施重点水路交通建设。

行业监管：

承担水路交通运政、港政、航道、水上安全和船舶工业等行业管理职能。

海事执法：

进行基层海事执法工作，如船舶安全检查、防止船舶污染等。

事故处理：

调查处理辖区内的水上交通事故，并实施水上交通安全监督检查。

船员管理：

负责船员注册、服务簿的签发、审核和签注工作。

费用征收：

征收船舶港务费、船舶检验费等规费，并负责解缴。

统计上报：

负责海事业务的统计上报工作。

其他工作：

执行上级海事管理机构授权或委托的其他业务工作。

这些职责可能因地区、具体岗位以及机构的不同而有所差异。此外，海事处科员的工作性质类似于陆地上的交通警察，需要确保水上交通的安全与顺畅。