should也是一种情态动词的形式，跟would一样。只是在意义上两者有些区别。你说得对would表示虚拟语气，表示跟事实不符，但是在你的例句中，因为从句是一般现在式，所以这里should所在的从句并非是虚拟语气用法。这是一个一般现在式的句子，所以should在这里是作“应该”解释。如果是虚拟语气，句子可以写成：it would be more beautiful if it had been protected well years ago.