南航自考本科毕业证考证结束可以拿到。

毕业申请流程：考生网上提交申请----县（市、区）考办反馈初审结果---考生按要求进行现场确认---考生填写并交回毕业生登记表---等待终审结果---考生领取毕业证书、登记表，领取时间以当地考办公布时间为准。详细办理流程及平台操作说明见：江苏省自学考试毕业申请及现场确认流程

毕业申请条件：考生完成专业考试计划规定的课程考试、实践性环节考核、毕业论文（设计），并取得合格成绩；申请本科毕业的考生已通过本科段报考资格审核。