如果单位扣押了您的资格证，您可以采取以下步骤来处理这个问题：

与单位协商：

首先尝试与单位进行沟通，了解扣押资格证的原因，并尝试协商解决。如果是因为证书上存在问题或需要进行公示等手续，可以协商解决。

向劳动监察部门投诉：

如果单位不予配合或拖延时间，您可以向当地的劳动监察大队或劳动行政部门投诉。根据《劳动合同法》第八十四条，用人单位违反规定扣押劳动者居民身份证等证件的，由劳动行政部门责令限期退还劳动者本人，并依照有关法律规定给予处罚。

申请劳动仲裁：

如果通过投诉无法解决问题，您可以向当地劳动仲裁委员会申请劳动仲裁。劳动仲裁是解决劳动争议的一种有效途径。

通过法律途径解决：

如果劳动仲裁也无法解决问题，您可以向人民法院提起民事诉讼，要求单位归还证书，并要求其承担相应的法律责任。

要求赔偿损失：

在要求归还资格证的同时，您还可以要求单位赔偿因扣押证件而给您造成的损失，例如工资损失、社保个人缴费与医保支出等。

注意时效：

在处理此类问题时，应注意相关的时效规定，确保在规定的时限内采取行动。

根据上述建议，您可以根据具体情况选择合适的途径来维护自己的合法权益。在处理过程中，保持沟通记录和相关证据，以便在需要时提供证明。