要查询日本在留资格证，您可以采取以下几种方法：

前往日本移民厅或其所属的出入境管理部门

携带有效的在留卡和护照等相关证件。

前往前台提交在留资格进度查询的申请。

等待1-2个工作日审核通过后，领取查询结果。

通过日本入管局的在线系统查询

日本入管局已经发布了在网上直接确认在留资格真伪的链接系统。

输入在留资格号码和有效期限，即可进行真伪确认。

联系申请的学校或委托的代理人

可以通过询问申请的学校或委托的代理人来查询在留资格的下达情况。

委托中介机构

如果有需要，您也可以委托中介机构协助查询在留资格。

请注意，目前没有在线查询服务，您无法通过日本使领馆或日本入管局进行查询。您只能等待相关机构的通知或通过您申请的学校、代理人或中介机构获取信息。