根据2023年9月4日的数据，超过5000亩的大学用地有以下几所：

1. 中山大学：9255亩

2. 哈尔滨工业大学：8481亩

3. 西安交通大学：8000亩

4. 山东大学：8000亩

5. 西北工业大学：7100亩

6. 四川大学：7050亩

7. 华中科技大学：7000亩

8. 南开大学：6678亩

9. 清华大学：6632亩

10. 国防科技大学：6200亩

11. 天津大学：6161亩

12. 西北农林科技大学：5657亩

13. 南京大学：5532亩

14. 重庆大学：5200亩

15. 武汉大学：5195亩

因此， 至少有13所大学用地超标。