巨野县内的大学包括：

菏泽学院：

位于菏泽市，是一所省市共建、以省管理为主的全日制普通本科高校。

菏泽医学高等专科学校：

位于菏泽市，是一所医学类高等专科学校。

鲁东大学：

与巨野县有战略合作。

巨野县高级技工学校 （巨野县职业中等专业学校）：提供职业技能培训。

巨野外国语学校（菏泽麟州外国语学校）：提供兽医专业的大专院校。

齐鲁工业大学菏泽校区：

位于菏泽市，是齐鲁工业大学的一个校区。

菏泽职业学院：

位于菏泽市，是一所提供职业教育的专科院校。

菏泽家政职业学院：

位于菏泽市，是一所家政服务类职业学院。

此外，巨野县还在筹建两所高等职业学院。

综上所述，巨野县至少有 九所大学（含筹建中的两所）。