南通大学在2021年度从国家自然科学基金委员会获得的资助直接费用为 3907.4万元。此外，学校还获得了 5290万元人民币的中央财政经费支持，用于国家重点研发计划项目。

请注意，这些数据是基于不同时间点的信息，具体的资助金额可能会随着时间的推移而有所变化。如果需要最新的资助信息，建议直接咨询南通大学相关部门或访问学校官网获取最新数据。