南京工程学院的专业排名如下：

电气工程及其自动化

在软科排行榜上位于第259名，在校友会排行榜上位于第296名。该专业是南京工程学院的王牌专业，拥有国家级一流本科专业建设点和国家级特色专业称号。

机械设计制造及其自动化

在软科排行榜上位于第259名，在校友会排行榜上位于第296名。该专业在软科版中国大学排名中排名第265名。

自动化

在软科排行榜上位于第259名，在校友会排行榜上位于第296名。该专业在软科版中国大学排名中排名第265名。

热能与动力工程

在软科排行榜上位于第259名，在校友会排行榜上位于第296名。该专业在软科版中国大学排名中排名第265名。

土木工程

在软科排行榜上位于第259名，在校友会排行榜上位于第296名。该专业在软科版中国大学排名中排名第265名。

机械电子工程

在软科排行榜上位于第259名，在校友会排行榜上位于第296名。该专业在软科版中国大学排名中排名第265名。

电气类

在软科排行榜上位于第259名，在校友会排行榜上位于第296名。该专业在软科版中国大学排名中排名第265名。

智能电网信息工程

在软科排行榜上位于第259名，在校友会排行榜上位于第296名。该专业在软科版中国大学排名中排名第265名。

计算机科学与技术

在软科排行榜上位于第259名，在校友会排行榜上位于第296名。该专业在软科版中国大学排名中排名第265名。

车辆工程

在软科排行榜上位于第259名，在校友会排行榜上位于第296名。该专业在软科版中国大学排名中排名第265名。

此外，南京工程学院还有一些特色专业如：

水质科学与技术（全国第3名）

智能测控工程（全国第4名）

电气工程与智能控制（全国第8名）

建议：

如果更看重专业的人才培养能力和就业前景，建议优先选择电气工程及其自动化、机械设计制造及其自动化、自动化、热能与动力工程等专业。

如果对特定领域有浓厚兴趣，可以考虑水质科学与技术、智能测控工程、电气工程与智能控制等特色专业。