北京交通大学在研究生阶段的专业排名如下：

系统科学- A+

信息与通信工程- A-

计算机科学与技术- A-

交通运输工程- A-

工商管理- A-

应用经济学- B+

马克思主义理论- B+

统计学- B+

机械工程- B

土木工程- B

此外，北京交通大学还有一些特色优势专业，如保密管理、纳米材料与技术、网络与新媒体、保密技术等，这些专业在各自的领域内也具有很高的排名和声誉。

建议：

系统科学、 信息与通信工程、 计算机科学与技术、 交通运输工程、 工商管理等是北交大的王牌专业，建议优先考虑。

应用经济学、 马克思主义理论、 统计学、 机械工程、 土木工程等也是北交大较为优秀的学科，可以根据个人兴趣和职业规划进行选择。

对于其他特色优势专业，如保密管理、纳米材料与技术等，如果对特定领域有浓厚兴趣，也可以考虑报考。