交通运输专业考研的顶尖院校包括：

东南大学：

在交通运输工程领域具有较高的学术水平和研究实力，被评为A+院校。

西南交通大学：

在交通运输领域享有很高的声誉，尤其在铁路和城市轨道交通方面，被评为A+院校。

北京交通大学：

以铁路交通见长，其交通运输专业也被评为A+等级，具有较高的声誉和实力。

同济大学：

在交通运输工程方向的研究领先，尤其在城市轨道交通方面，被评为A+或A等级。

北京航空航天大学：

交通运输工程专业具有较高的学术水平和研究实力，被评为A等级。

长安大学：

在公路交通领域的教学和研究都非常出色，是交通运输工程领域的重要高校之一，被评为A等级。

大连海事大学：

在海运方面有着悠久的历史和雄厚的教学研究力量，是交通运输工程领域的重要学府之一，被评为A等级。

中南大学 、 武汉理工大学、 南京航空航天大学、 哈尔滨工业大学、 吉林大学：

这些院校在交通运输工程领域也有一定的研究基础和实力，均被评为A等级。

建议考生在选择考研院校时，综合考虑自己的兴趣方向、学术背景和目标院校的学科优势，同时也可以参考最新的考研动态和院校排名，以便做出更为明智的选择。