2016年南京农业大学在农学专业方面的排名如下：

农业资源与环境专业全国排名第1。

园艺学和 农林经济管理专业全国排名第2。

作物学和 植物保护专业全国排名第3。

此外，南京农业大学在多个学科中表现突出，具体排名如下：

农业资源与环境、 园艺学、 农林经济管理、 作物学、 植物保护等5个专业进入全国前3%。

农业资源与环境、 园艺学、 农林经济管理、 作物学、 植物保护、 农业水利工程、 生态学、 农业经济学、 土地资源管理、 食品科学与工程等10个专业进入全国前12%。

农业资源与环境、 园艺学、 农林经济管理、 作物学、 植物保护、 农业水利工程、 生态学、 农业经济学、 土地资源管理、 食品科学与工程、 农业机械化及其自动化等18个专业上榜。

这些排名显示了南京农业大学在农学领域的强大实力和优势地位。建议学生在选择专业时，可以优先考虑这些在全国排名靠前的专业。