南京物理专业排名较高的大学包括：

南京大学：

物理专业在全国排名中位于前列，具体为第四位，并在第四轮学科评估中评为A。

清华大学：

工科和理科实力强大，物理学专业具有很高的水平。

北京大学：

作为中国顶尖综合性大学之一，物理学专业享有盛誉。

中国科学技术大学：

专注于自然科学和工程技术研究，物理学专业在国际上有显著影响力。

复旦大学：

物理学专业在全国排名第4位。

上海交通大学：

物理学专业在全国排名第5位。

南开大学：

物理学专业在全国排名第7位。

吉林大学：

物理学专业在全国有一定的排名。

南京理工大学：

物理学科在第四轮物理学科评估当中是C-，全国排名第37位。

建议：

如果追求学术研究和国际影响力，清华大学、北京大学和中国科学技术大学是理想的选择。

如果注重在国内的知名度和学科评估结果，南京大学和复旦大学是很好的选择。

对于希望在物理学科领域有所建树的学子，南京理工大学和吉林大学也是值得考虑的选项。