截至1949年，中国境内共有 21所教会大学。这些大学在当时的中国的教育体系中占有重要地位，并且很多在后来与中国的高等教育体系融合。

燕京大学：

创办于1916年，是近代中国规模最大、质量最好、环境最优美的大学之一。1952年，燕京大学被拆分，其主要院系分别被北大、清华、民大、政法、人大、央财合并。

圣约翰大学：

创立于1879年，是中国第一所高等教育学府，当时上海乃至全中国最优秀的大学之一。1952年，学校建制撤销。

辅仁大学：

原北京辅仁大学，由罗马公教创办的天主教大学，曾与北大、清华、燕大并称北平四大名校。1952年，大部分并入北京师范，部分院系并入北大、人大和中国政法大学。

齐鲁大学：

来自美国、英国以及加拿大的多个基督教教会，美北长老会共同筹款联合开办。1952年院系调整被撤销建制，各系分别并入山东师范大学、中国药科大学、南京大学、山东大学等多所高校。

东吴大学：

20世纪初中国第一所民办大学，1900年由基督教监理会在中国苏州创办。1951年在台湾复校。

金陵大学：

是美国基督教会在南京创办的教会大学。1952年院系调整中，金陵大学被拆分，部分院系并入南京大学等高校。

震旦大学：

由中国神父马相伯于1903年创办，是中国近代著名高校。

之江大学：

基督教美北长老会和美南长老会在中国杭州联合创办的一所教会大学。

华中大学：

1919年创办，1952年院系调整中，主要院系分别被并入其他高校。

文华图书馆学专科学校：

1920年创办，1952年院系调整中，并入其他高校。

华西协和大学：

1910年创办，1952年院系调整中，并入其他高校。

这些教会大学在中国教育近代化过程中起到了示范作用，并贡献了许多杰出的校友。1951年底，所有教会大学都由人民政府接收，其中改为公立的12所，包括辅仁大学、燕京大学、津沽大学、协和医学院、铭贤学院、金陵大学、金陵女子文理学院、协和大学、华南女子文理学院、华中大学、文华图书馆学专科学校、华西协和大学。