蔡元培在担任教育总长期间，提倡“兼容并包”的学术氛围，并支持新文化运动，对近代中国教育产生了深远影响。他不仅推动了北京大学的发展，还参与创办了多所其他大学。

北京大学

蔡元培于1916年至1927年间担任北京大学校长，对北大进行了大刀阔斧的改革，使其成为新文化运动的重要基地。

复旦大学

蔡元培是复旦大学的重要创始人之一。

辅仁大学

蔡元培也是辅仁大学的创始人之一。

北京市第27中学

前身为孔德学校，由蔡元培于1917年创办。

元培科技大学

位于台湾新竹市，前身为“私立元培医事技术专科学校”，由蔡炳坤医师在1964年创办。虽然蔡元培在1964年之前并未直接参与创办，但考虑到他对中国教育的贡献，可以认为他是元培科技大学的间接创始人之一。

国立青岛大学

蔡元培在1926年被聘为董事，并在1930年参与开学典礼。

其他大学

虽然蔡元培直接创办的大学数量有限，但他对中国高等教育的发展有着深远的影响，许多大学都受到了他的启发和推动。

综上所述，蔡元培直接创办了至少一所大学（北京大学），并参与创办了其他多所大学。他的教育理念和实践对中国高等教育的发展产生了重要影响。