南京的专业风机工厂排名如下：

南京飞花风机有限公司：

该公司位于南京市，主要配套于工业炉和干燥设备等热处理行业，拥有良好的机械设备和完善的检测手段，能够根据客户要求设计和检测各类风机的技术性能。

南京第二鼓风机厂：

该厂是机械工业部定点专业生产各类风机的工厂，也是南京市首批股份合作试点企业，产品广泛应用于多个领域。

南京诺方风机有限公司：

该公司同样位于南京市，专注于特种风机的生产，主要配套于工业炉和干燥行业，拥有丰富的生产经验和高级技术人员。

南京恒星鼓风机厂：

该厂坐落于南京市中华门外谷里镇，交通便利，是风机生产的知名企业。

南京四方通用风机厂：

该厂位于南京市门外西善桥镇宁芜公路旁盛家岗，紧靠南京市内环线，拥有固定资产上千万元和一支专业的技术团队。

建议在选择风机工厂时，可以根据具体需求和预算，综合考虑各工厂的产品质量、技术实力、生产规模和服务水平等方面。