常熟学院的王牌专业排名如下：

自动化

数学与应用数学

材料科学与工程

机械工程

计算机科学与技术

新能源科学与工程

生物工程

电子信息工程

食品质量与安全

市场营销

这些专业在国家级特色专业建设点、教育部卓越计划试点专业、教育部本科综合改革试点专业以及江苏省品牌和特色专业等方面均获得了认可。建议学生在选择专业时，可以优先考虑这些王牌专业，因为它们在学术声誉和就业前景方面都有较高的优势。