以下是日本大学原子能专业的排名情况：

东京大学

东京大学是日本国立大学，九所帝国大学之一，其工学部含有多个与原子能相关的学科，包括原子能工程研究和综合试验场。

京都大学

京都大学是继东京大学之后成立的日本第二所国立大学，其学科设置也涵盖了原子能领域。

东京工业大学

东京工业大学是以工程技术与自然科学研究为主的世界一流理工大学之一，其学科设置中也有与原子能相关的专业。

建议您根据最新的教育评级机构发布的数据来确认这些排名，因为排名可能会根据不同的标准和评估机构有所变化。