选择哈尔滨工程大学的多个专业时，可以按照以下排序进行考虑：

船舶与海洋工程

该专业是哈尔滨工程大学的王牌专业，全国排名靠前，属于A++等级，具有极高的声誉和实力。

核工程与核技术

该专业也是哈工程的优势专业，全国排名第四，属于A+等级，是核工业人才的重要培养基地。

自动化

自动化专业全国排名第十一，属于A+等级，是一个具有较强实力的专业。

水声工程

水声工程专业全国排名靠前，属于A+等级，是未来海洋开发及海军建设的关键学科。

电子信息工程

该专业全国排名第九，属于A+等级，是一个具有较强实力的专业。

能源与动力工程

该专业全国排名第十一，属于A等级，是国防特色专业。

计算机科学与技术

该专业全国排名第四，属于A+等级，是哈工大的四大王牌专业之一。

机械工程

该专业全国排名第六，属于A-等级，是哈工大的传统强项。

信息与通信工程

该专业全国排名第二十，属于B+等级，在通信技术、信号处理、网络与信息系统等领域有一定优势。

控制科学与工程

该专业全国排名第六，属于A-等级，是哈工大的王牌专业之一。

根据以上排序，建议您可以优先考虑以下专业：

1. 船舶与海洋工程

2. 核工程与核技术

3. 自动化

4. 水声工程

5. 电子信息工程

6. 能源与动力工程

7. 计算机科学与技术

8. 机械工程

9. 信息与通信工程

10. 控制科学与工程

这些专业在哈尔滨工程大学中具有较高的排名和实力，能够提供坚实的学科基础和良好的就业前景。当然，具体选择还需结合个人兴趣和职业规划进行综合考虑。