基因工程专业的高校排名如下：

北京大学

清华大学

上海交通大学

中国农业大学

南京大学

中国科学技术大学

武汉大学

华中农业大学

南开大学

东北师范大学

这些排名基于学术声誉、教育质量、师资力量、科研成果和学生竞争力等因素进行评估。建议在选择学校时，可以综合考虑这些排名信息，同时也要考虑个人的兴趣和职业规划。