根据最新的排名信息，全国自动化专业排名前五的院校如下：

清华大学

浙江大学

北京航空航天大学

上海交通大学

北京理工大学

此外，还有一些既不是985也不是211但排名相对靠前的院校可以考虑，例如广东工业大学（第28名）、杭州电子科技大学（第31名）和浙江工业大学（第35名）。

这些排名信息均来源于不同时间点的发布，因此建议在做出选择时综合考虑最新的排名数据和其他相关信息。