南京在水利水电工程专业方面，河海大学表现突出，位于江苏省南京市，由教育部、水利部、国家海洋局和江苏省共建，是原211工程大学，以水利为特色。以下是河海大学在水利水电工程专业方面的排名情况：

河海大学：

世界高水平大学，排名第一。

建议：

河海大学：作为国内顶尖的水利水电工程专业高校，河海大学在教学、研究和就业方面都有显著优势。

清华大学：虽然清华大学在水利水电工程方面的具体排名未明确列出，但作为国内顶级学府，其相关专业实力也非常强大。

其他高校：南京理工大学、华北电力大学、东北电力大学等也在电气工程及其自动化专业方面有较强实力，可以作为备选。

综合考虑学校的教学质量、研究实力、就业情况等多方面因素，建议选择河海大学或清华大学等顶尖高校。