2016年软件工程专业排名如下：

北京大学

清华大学

复旦大学

浙江大学

国防科学技术大学

武汉大学

上海交通大学

南京大学

中国科学技术大学

吉林大学

华中科技大学

哈尔滨工业大学

北京航空航天大学

建议：

北京大学和 清华大学在软件工程领域的综合实力非常强，建议优先考虑。

国防科学技术大学作为军事院校，在软件工程领域也有其独特的优势，尤其在系统设计和安全防方面。

浙江大学和 上海交通大学等综合性大学在软件工程领域也有很强的实力，尤其在人工智能和大数据处理等方面有独特的教学优势。