东南大学目前设有 36个院系。这些院系涵盖了广泛的学科领域，包括哲学、经济学、法学、教育学、文学、理学、工学、医学、管理学、艺术学和历史学等。具体院系包括建筑学院、机械工程学院、能源与环境学院、信息科学与工程学院、土木工程学院、电子科学与工程学院、数学学院、自动化学院、计算机科学与工程学院、物理学院、生物科学与医学工程学院、材料科学与工程学院、人文学院、经济管理学院、电气工程学院、外国语学院、化学化工学院、交通学院、仪器科学与工程学院、艺术学院、法学院、医学院、公共卫生学院、网络空间安全学院、吴健雄学院等。