复旦大学和上海交通大学都是中国顶尖的高等教育机构，各自在多个学科领域具有强大的实力。以下是它们在部分学科领域的排名情况：

复旦大学

优势学科：金融、计算机科学、医学等。

顶尖专业：

国际政治（A++，全国排名第1）。

预防医学（A++，全国排名第1）。

新闻学（A++，全国排名第1）。

哲学（A++，全国排名第2）。

化学（A++，全国排名第2）。

国际经济与贸易（A++，全国排名第2）。

数学与应用数学（A++，全国排名第2）。

历史学（A++，全国排名第2）。

基础医学（A++，全国排名第2）。

临床医学（A++，全国排名第3）。

上海交通大学

优势学科：工科和医科，特别是机械工程、交通运输工程、电子信息科学与技术。

顶尖专业：

机械工程（A++，全国排名第1）。

船舶与海洋工程（A++，全国排名第1）。

自动化科学与技术（A++，全国排名第1）。

计算机科学与技术（A++，全国排名第1）。

材料科学与工程（A++，全国排名第1）。

生物工程（A++，全国排名第1）。

电气工程及其自动化（A++，全国排名第1）。

热能与动力工程（A++，全国排名第1）。

临床医学（A++，全国排名第1）。

建议

选择专业：根据个人兴趣和职业规划，选择两校中优势学科和顶尖专业。例如，如果对计算机科学和工程类学科感兴趣，上海交通大学可能是更好的选择；如果对人文社科和医学类学科感兴趣，复旦大学可能更适合。

综合考虑：除了专业排名，还要考虑学校的地理位置、师资力量、科研水平、国际化程度等因素，综合评估两校的优劣。