清华大学最难的专业排名如下：

材料化学专业：

该专业虽然听起来高大上，但实际上工作环境和待遇并不理想，导致87%的毕业生只给了1星评价。

能源与动力工程专业：

该专业的工作环境和工资待遇也较差，78%的毕业生给了2星以下评价。

生物科学与技术专业：

该专业需要在实验室里工作，或者需要读到博士才能有较好的发展，65%的毕业生表示“后悔选择”。

数学专业：

清华大学数学专业在考研难度排名中位列第一，综合指数为95.87。

交通运输规划与管理专业：

该专业在考研难度排名中位列第二，综合指数为99.68。

工程物理系相关专业：

包括核技术及应用、技术物理、核能科学与工程管理等，这些专业的研究生录取难度非常高。

计算机专业：

清华大学计算机专业在考研难度排名中位列第三，综合指数未明确给出，但根据其他排名信息，可以推测其难度也非常大。

自动化专业：

该专业被誉为工科中的“万金油”，学习难点在于涉及范围广泛，涵盖计算机、电子、机械等多个领域，竞争激烈。

通信工程专业：

该专业涵盖多媒体、无线通信、电磁场与微波等多个高技术领域，对数学、物理、计算机等基础知识要求极高。

电气工程及其自动化专业：

该专业学习难度极大，高等数学、电路理论、电机学等课程极具挑战性。

机械工程：

作为“老”的学科，也是工业发展的基石，竞争激烈。

建议：

对于想要报考清华大学的学生，建议提前了解各个专业的实际情况，包括工作环境、待遇、学习难度等，以便做出更合适的选择。

对于考研难度较大的专业，如数学、工程物理、计算机等，学生需要提前做好充分的准备，提升自己的学术和专业能力，以应对激烈的竞争。