根据最新的教育部学科评估结果，国内软件工程专业最好的大学是北京航空航天大学、浙江大学和国防科技大学，它们均被教育部评为A+评级。

具体排名如下：

1. 北京航空航天大学

2. 浙江大学

3. 国防科技大学

4. 北京大学

5. 清华大学

6. 南京大学

7. 武汉大学

8. 华东师范大学

9. 中国科学技术大学

10. 哈尔滨工业大学

建议：

北京航空航天大学、 浙江大学和 国防科技大学的软件工程专业均属于国内顶尖水平，适合希望在这些领域深造的学生。

北京大学和 清华大学的软件工程专业也非常强大，尽管它们的综合实力排名可能略低于前三所，但在软件工程领域具有极高的声誉和教学实力。

南京大学、 武汉大学、 华东师范大学、 中国科学技术大学和 哈尔滨工业大学的软件工程专业同样具有很高的教学水平，适合不同兴趣和目标的学生选择。