南京高考志愿的顺序安排如下：

提前批志愿：

首先填报提前批志愿。

本科志愿：

随后填报本科志愿。

专科志愿：

最后填报专科志愿。

在志愿的投档和录取过程中，普通类考生采用平行志愿投档录取时，按照“分数优先，遵循志愿顺序”的原则进行。具体来说，考生会按照自己的高考总成绩（含政策性照顾加分）从高到低确定投档位序，如果总成绩相同，则比较其他科目成绩或志愿顺序，顺序在前者优先投档。在投档时，系统会依次检索考生填报的平行志愿，从第一个志愿开始，如果符合该志愿的投档条件，则投档并录取，不符合则继续检索下一个志愿，直到找到符合条件的学校为止。

建议考生在填报志愿时，将最想去的院校和专业放在前面，以确保能够按照自己的意愿进行录取。同时，要注意志愿之间的梯度，合理安排各志愿的顺序，以增加录取的机会。