高考539分在填报志愿时，可以参考以下几点建议：

选择保底院校

建议选择一个保底院校，以确保即使征集志愿时分数上涨，也能有学校可读。例如，理科539分可以考虑填报衡阳师范学院作为保底。

合理选择学校

根据自己的分数，选择一些比自己分数低十分以内的学校，因为征集志愿时分数通常会上涨。

可以考虑填报一些有专业优势的学校，以提高录取的可能性。

参考往年录取情况

参考往年的录取情况和学校的排名，进行更准确的选择和填报志愿。

了解位次，即高考成绩在全省的排名，这个指标比高考分数更重要，因为每年的高考难度不同，整体分数会有上下浮动。

合理分配志愿

在志愿表中将自己的心仪学校进行排名，分为冲、稳、保三档。冲——勉强能够够得着的学校和专业；稳——大概能够录取的学校专业；保——无论发生什么情况，学生都能上的专业。

注意志愿的填报顺序和数量

在分级志愿模式中，省级招办在投档时采用“志愿优先”的原则。因此，第一志愿非常重要，应选择最有把握的学校。

每个院校志愿中可填报6个专业志愿，还有是否愿意调剂等选项。征求志愿环节中，每个院校志愿可填3个专业志愿及是否愿意调剂选项。

利用填报软件

可以利用一些填报软件帮助自己完成上述步骤，这些软件通常能根据往年的录取情况，提供更为精准的建议。

综上所述，高考539分在填报志愿时，应综合考虑自己的分数、兴趣、职业规划等因素，合理选择学校，并注意志愿的填报顺序和数量，以确保能够被心仪的学校录取。