高考填志愿违规的处理流程如下：

及时联系相关部门

一旦发现高考志愿被篡改或其他违规行为，应尽快与高考招生办公室或相关监管部门取得联系，并详细说明情况，提供所有相关证据和文件，如通信记录、文件等，以便进行后续调查。

保留证据

在整个处理过程中，务必保留所有相关证据和文件，包括通信记录、文件、照片等，以备不时之需。

咨询法律专业人士

如果调查结果证实志愿被篡改，可以咨询法律专业人士，了解可能的法律途径和维权方式，以便采取进一步的法律行动。

按照官方流程申诉

如果您认为自己在高考中被误判为违规，可以向考务人员说明情况，并提供相应的证明材料，要求填写申诉表格。申诉表格填写完毕后，需要和考务人员一同签字并加盖单位公章，然后当场拍照存档备用。

申诉表格可以直接寄送至当地教育考试院，或者携带相关证明材料前往教育考试院直接提交申诉。具体申诉流程和要求可以在当地教育学院的官方网站上查询。

配合调查与处理

教育考试院将会对您的申诉进行审理，核实情况是否属实，并根据审理结果进行处理。在整个过程中，保持冷静，坚持自己的权益，不放弃争取公正。

通过以上步骤，您可以采取适当的法律途径维护自己的权益，确保高考志愿的公正处理。