金陵科技学院目前设有20个二级学院（部），具体如下：

一、主要二级学院

马克思主义学院

商学院

人文学院

机电工程学院

智能科学与控制工程学院

建筑工程学院

电子信息工程学院

网络与通信工程学院

网络安全学院

艺术学院

动漫学院

园艺园林学院

动物科学与食品工程学院

材料工程学院

外国语学院

国际教育学院

理学院

体育部

软件工程学院 （原计算机学院）

二、其他教学科研单位

南京软件研究院

继续教育学院

职业师学院

计算机基础实验教学中心

思想政治理论教学部

公共基础课部

注：部分学院如商学院下设有会计学等专业硕士学位授权点，另有动漫、园艺等特色专业。建议以学校最新官方公告为准。