南开大学设有多个学院，涵盖文、史、哲、经、管、法、理、工、农、医、教、艺等多个学科门类。具体学院设置如下：

文学院

历史学院

哲学院

外国语学院

法学院

政府管理学院

马克思主义学院

汉语言文化学院

经济学院

商学院

旅游与服务学院

金融学院

数学科学学院

物理科学学院

化学学院

生命科学学院

计算机与控制工程学院

电子信息与光学工程学院

环境科学与工程学院

医学院

软件学院

药学院

泰达学院

泰达生物技术研究院

泰达应用物理研究院

经济与社会发展研究院

日本研究院

金融发展研究院

国家经济战略研究院

这些学院构成了南开大学丰富的学科体系，为学生提供了广泛的专业选择和研究方向。