南京共有 52所大学。其中包括本科层次高等学校34所和专科层次高等学校18所。在本科层次中，有8所是部委属高校。南京的一些知名大学包括南京大学、东南大学、河海大学、南京理工大学、南京航空航天大学、南京师范大学、南京财经大学、南京邮电大学、南京审计大学、南京工业大学、中国药科大学、南京农业大学、南京工程学院、南京信息工程大学、南京林业大学、南京中医药大学和南京医科大学等。此外，南京还有多所民办高校和中外合作办学机构。