康复治疗技术专业的缺点主要包括以下几点：

技术含量低，多为简单重复的体力活：

康复治疗技术专业的工作往往涉及大量的体力劳动，技术含量相对较低，且工作内容较为简单重复。

医院地位低，只是技师：

康复治疗师在医院中通常被视为技师，医生开医嘱后，康复治疗师负责执行治疗，这种地位相对较低，有时甚至会被护士看不起。

上升空间小，天花板是治疗师长：

康复治疗师的职业发展空间有限，很多康复治疗师最终只能达到治疗师长的职位，很难有更大的提升空间。

工资低，科室收入在医院垫底：

由于康复病人单次收费较低，加上医院内部收入分配不均，康复治疗科的收入往往在医院中处于较低水平。

不能报考执业医师，缺乏独立行医资格：

康复治疗技术专业的毕业生不能报考执业医师，无法独立行医，如自己开门诊等。

行业竞争激烈，证书竞争力不足：

康复治疗师证书在医学专业中普遍可以考取，导致其竞争力不足。

工作强度大，环境有时较差：

康复治疗师需要面对各种生活不能自理的患者，工作强度大，且病房和患者身上可能会有异味，工作环境有时较为艰苦。

治疗效果不稳定，患者要求高：

康复治疗的效果有时不够稳定，患者在治疗后需要坚持训练，一旦效果反弹，容易引发患者和家属的不满。

操作风险大，缺乏有效的愈后方案：

康复治疗过程中可能会出现新的症状，治疗师往往难以迅速找到原因和解决方案，操作风险较大，且缺乏有效的愈后方案。

技术创新能力不足：

康复治疗技术需要不断创新和发展，但实际工作中由于科研投入少、临床实践与科研结合不紧密等原因，创新能力不足。

综上所述，康复治疗技术专业虽然有一定的就业前景，但存在诸多缺点和挑战，毕业生在选择这一专业时需要充分考虑这些因素。