截至2024年，南沙区至少有13所本科大学。包括：

1. 广东外语外贸大学

2. 中山大学南沙校区

3. 广东药科大学

4. 中山大学南沙科技学院

5. 中山大学南沙珠江学院

6. 广东金融学院

7. 广州大学南沙校区

8. 广州大学南沙科技学院

9. 香港科技大学（广州）

10. 中国科学院大学广州校区

11. 广州海洋大学研究生院

12. 广州城市理工学院

13. 广州南方学院

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